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如果用户已被注册，即该用户名已经被占用，办理营业执照的流程不会受到影响。办理营业执照的流程和材料一般如下。
1、办理公司名称预先核名，需要准备公司名称及营业执照注册相关资料。
2、提交资料至工商部门审核，包括公司名称、法人及股东信息、注册地址、注册资金等，审核通过后，会收到准予设立登记通知书。
3、携带准予设立登记通知书及办理人身份证原件到工商局领取营业执照正、副本。
具体流程和材料要求可能因地区而异，建议咨询当地工商部门获取详细信息和要求，关于用户名被占用的问题，可以尝试重新选择一个用户名进行注册，或者联系相关平台或机构进行解决。
完成营业执照的注册只是公司设立的第一步，后续还需要办理刻章、办理银行开户等手续，如有任何困难，建议寻求专业法律人士或代理机构的帮助。